Sí, las personas jurídicas pueden ser responsables de un delito contra el medio ambiente. De hecho el Código Penal en el artículo 328 contempla las siguientes penas:

• Multa de uno a tres años, o del doble al cuádruple del perjuicio causado cuando la cantidad resultante fuese más elevada, si el delito cometido por la persona física tiene prevista una pena de más de dos años de privación de libertad.
• Multa de seis meses a dos años, o del doble al triple del perjuicio causado si la cantidad resultante fuese más elevada, en el resto de los casos.
  También caben medidas como la disolución de la persona jurídica, la suspensión de sus actividades por plazo, la clausura de sus locales y establecimientos por plazo, la inhabilitación para obtener subvenciones y ayudas públicas o para contratar con el sector público.Asimismo, los jueces y tribunales podrán imponer las siguientes penas:
• Disolución de la persona jurídica.
• Suspensión de sus actividades por un plazo que no podrá exceder de cinco años.
• Clausura de sus locales y establecimientos por un plazo que no podrá exceder de cinco años.
• Prohibición de realizar en el futuro las actividades en cuyo ejercicio se haya cometido, favorecido o encubierto el delito.
• Inhabilitación para obtener subvenciones y ayudas públicas, para contratar con el sector público y para gozar de beneficios e incentivos fiscales o de la Seguridad Social.
• Intervención judicial para salvaguardar los derechos de los trabajadores o de los acreedores por el tiempo que se estime necesario.